mysql - Transacciones

[luismaciasalejos]

ejecuta la sentencia como si fuese un select:
SET wait_timeout = 60;

esto te va a dar 60 segundos de espera para evitar el timeout.
Espera a que el proceso termine hasta 60 segundos (puedes incrementarla o disminuirla a conveniencia) revisa la documentacion de mysql para ver los limites, que la verdad no recuerdo bien.