lo unico que se me ocurre es que, en el archivo en el que cargas la imagen, la guarde temporalmente en un directorio.
Una vez la tienes guardada en el directorio, generes el pdf.
Despues de generar el pdf, borras la imagen temporal ( o la borras de forma programada con cronjob )
EDIT: mierda, no habia leido tu ultimo reply entero xDD
para generar las imagenes, tienes imagepng , imagejpeg como funciones PHP a las cuales les pasas un resource image, la ruta y la calidad de la imagen, y la guarda directamente donde lo hayas puesto.
Aqui tienes imagepng :
http://php.net/manual/es/function.imagepng.php
y desde aqui, ya comprueba el resto de funciones.
Un saludo