1.- una sitio bien hecho no debería tener problemas con IE
2.- si colocas un mensaje como tal perderás visitas
3.- en ultima estancia, es mejor re-dirigirlos a una landing page creada para IE
4.- usa comentarios condicionales para IE, ya sea para poner un cartel, para colocar un div que oculte tu web o para re-dirigirlo en caso que sea ie
Código HTML:
Ver original<!--[if IE]>
este contenido solo se muestra en IE
<![endif]-->
aqui puedes ver mas sobre comentarios condicionales
http://www.quirksmode.org/css/condcom.html