Para darte una respuesta más concreta tendrías que postear el modelo, de todos modos, en la mayoría de los casos no es necesario agregar una columna como PK ya que la combinación de columnas FKs es suficiente para identificar cada fila como única, por ejemplo, un modelo que requiera almacenar la cantidad y productos disponible en cada tienda tendrías las tablas:
Código:
create table Tienda (id int);
alter table Tienda add constraint pk_tienda primary key (id);
create table Producto (id int);
alter table Producto add constraint pk_producto primary key (id);
create table ProductoPorTienda (idTienda int, idProducto int, cantidad int);
alter table ProductoPorTienda add constraint fk_tienda
foreign key (idTienda) references Tienda(id);
alter table ProductoPorTienda add constraint fk_producto
foreign key (idProducto) references Producto(id);
create unique index ind_producto_tienda on
ProductoPorTienda (idTienda, idProducto);
Donde las filas de la tabla ProductoPorTienda se identifican por el par IdTienda,IdProducto.
Saludos