Conozco un par de opciones que pudieran servir:
1- Con la varita mágica, marcando alisado y 1 en crecer, seleccionas la parte transparente y después eliminas (con la tecla SUPR o DEL).
2- Usando semi-aplanar:
http://docs.gimp.org/2.2/es/gimp-lay...i-flatten.html
Ojo: De momento no tengo GIMP instalado, pero más o menos así iba la cosa.
