Cual es tu método de nombramiento para las notas? También se supone que no sea necesario parseInt para lograr lo que quieres en: document.form1.nota(parseInt[i]+1).value; y añado si esta utilizado un arreglo de nombres se debería ver así: document.form1.nota[parseInt[i]+1].value;
Ahora mismo según el for que escribiste va recorrer de 0 a 1 por lo tanto cada ciclo se vera así:
i = 0
Código pseudo:
Ver originalnota1=document.form1.nota[0].value;
nota2=document.form1.nota(1).value;
nota3=document.form1.nota(2).value;
i = 1
Código pseudo:
Ver originalnota1=document.form1.nota[1].value;
nota2=document.form1.nota(2).value;
nota3=document.form1.nota(3).value;
i = 2 da falso y termina el for.