Cita:
Iniciado por pithon 
valores = [
["valor1", document.getElementById('valor1').value],
["valor2", document.getElementById('valor2').value],
if(document.getElementById('valor3')){}else{
["valor3", document.getElementById('valor3').value],
]
no me extraña que te levante error. no puedes hacer una condicional dentro de un array.
estamos hablando de n campos, por lo tanto primero habrá que obtener la colección de campos (getElementsByTagName) y después filtrar aquellos que son tipo "hidden" (type == 'hidden'). con esto ya tienes todos los campos hidden que existen el formulario.
por otro lado, dado la estructura, de array, que estás usando, te convendría utilizar objeto json por notación e ir extendiendo dicho objeto