en primer lugar, esto no es javascript ni html
Código vaya_a_saber:
Ver original<input type='hidden' id='valor1' value='uno'/>
<input type='hidden' id='valor2' value='dos'/>
valores = [
["valor1", document.getElementById('valor1').value],
["valor2", document.getElementById('valor2').value],
if(document.getElementById('valor3')){}else{
["valor3", document.getElementById('valor3').value],
];
Así que lo del error de sintáxsis puede ser cualquier cosa.
En cuanto a tu pregunta puntual
Cita: "donde recojo los valores de unos campos ocultos el problema lo tengo que no se comprobar si existe "
No tiene sentido, si están existen, recorres lon input, verificas si el type es hidden, y tomás el valor, el cual vas agregando al array()
SAludos