Hola:
Supongo que estarás usando alguna librería, ya que con javascript no se puede subir archivos, salvo con el clásico submit() (puede que esté enmascarado)... de todos modos, para archivos grandes debes modificar parámetros php, ya sea añadiendo/modificando el php.ini, o con una instrucción ini_set (o algo así) en el fichero receptor... si quieres, podemos mover el tema a php...
Saludos
