he logrado que cambiar el settimeout de un timer dependiendo de otro  
   Código PHP:
    var currCount
var transCount
var transicion
$(function(){
    incCounter();
    
});
function incCounter() {
    currCount = parseInt($('#counter').html());
    $('#counter').text(currCount+1);
     setTimeout('incCounter()',1000);
    updatetransicion();
}
function transicionCount() {
    transCount = parseInt($('#transicioncontainer').html());
    $('#transicioncontainer').text(transCount+1);
    setTimeout('transicionCount()',transicion);
}
function updatetransicion(){
    switch(currCount){
        case 3:
        transicion=500;
        transicionCount();
        break    
        case 5:
        transicion=250;
        transicionCount();
        break    
        case 10:
        transicion=100;
        transicionCount();
        break    
    }
} 
    
  El problema consiste en:
Necesito arrancar la function updatetransicion() cuando cargue la página para que NO se llame a a updatetransicion() dentro del otro timer en la function incCounter()
La fuction updatetransicion() no arranca al cargar la página poniendola dentro de $function() como inCounter() sí.
una vez que updatetransicion() se llame al cargar la página supongo que necesitaré preguntar usando WHILE (no switch) dentro de updatetransicion() 
Muchísimas gracias por su ayuda y colaboración!