Temas a revisar:
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Transacciones
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Integridad Referencial
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ACID
Estos son temas críticos que se deben conocer cuando se va a trabajar seriamente en BBDD.
El hecho de que las tablas MyISAM no tengan ni transacciones ni integridad referencial hace que todas las medidas para asegurar la consistencia de la información, la integridad de datos y el aislamiento de procesos se deba realizar a través de la aplicación, porque con ese motor de tablas MySQL no provee los recursos para gestionar esas cosas a nivel de servidor de base de datos.
¿Se entiende la idea?
Por eso la elección del motor y la forma de desarrollar la programación de la aplicación son factores muy importantes para cualquier proyecto.
MySQL ofrece las MyISAM entre otras cosas, para proveer de un motor de tablas que sea extremadamente rápido en las operaciones I/O, y en las consultas FULLTEXT, que el resto de las tablas no proveen. Por eso es muy bueno en la web, pero con algunas consideraciones.
Para darte un ejemplo: Wordpress usa el motor MyISAM para sus bases, porque gestiona la integridad a nivel aplicación. Es uno de los factores que ayudan a su difusión: Menos reglas, menos problemas.. hasta que quieres cosas seguras, y entonces debes pasar a las InnoDB.