Me respondo a mi mismo, porque imagino que habra gente a la que le pueda hacer falta
Adobe Muse no soporta php como tal, a si que para ello deberiamos subir dichos archivos php a un subdominio y despues en el html ponerle un iframe, aqui no hay botones como tal, todo son imagenes, entonces para insertar un boton o un enlace lo suyo es hacer una imagen bien curradita ^^ con fotoshop y en las opciones que da al pasar por encima de la imagen, activa etc pues a cada una ponerle la correspondiente.
Manuales tal cual, no he encontrado, pero este video es bastante explicativo:
http://www.youtube.com/watch?v=dlJzRdVrDmA
y lo de la paginacion es de lo unico que no he encontrado nada, no se si se podra realizar, si saben algo les agradeceria mucho que lo compartiesen
un abrazo