Hola. Si ese es todo el código que utilizás para la aplicación alcanza con modificar la cantidad de píxeles que querés mover la ventana flotante. Fijate que tenés un scrollTop (entiendo que es para mover la ventana verticalmente) y un scrollLeft (para moverla horizontalmente). En teoría si donde dice px reemplazás por un número te va a dezplazar el emergente esa cantidad de píxeles. Todo esto siempre y cuando ese sea el único código de la aplicación que pegaste.
Para mover 100 píxeles para arriba y 100 para la izquierda:
Código PHP:
cur.css("top", ($(window).height() - cur.height()) / 2 + $(window).scrollTop() + "100");
cur.css("left", ($(window).width() - cur.width()) / 2 + $(window).scrollLeft() + "100");