primero puede ser porque estas poniendo Id repetidos y lo segundo cuando creas un nuevo elemento ten en cuenta que es no tiene funciones que ya se han ejecutado al cargar la pagina, tiene que asignarle la funcion que quieras cuando lo creas ejemplo
Código PHP:
<script type="text/javascript">
$(document.createElement('input')).attr({type:"text"}).change(function(){
alert($(this).val());
}).appendTo('body');
</script>