duda crear una tabla mediante php.

[elgoncho99]

La clave primaria es unica y por lo tanto es por el campo por el cual obtendras la seguridad que es el registro que buscas en la tabla.
Cuando creas otra clave (key) o indice(index) que no es primaria con eso le dices al motor de base de datos, que probablemente hagas consultas sobre esta tabla referenciandote por medio de estos campos y al decirle que sera un indice el motor se encargara de crear un archivo de indices sobre ese campo para que el acceso a los datos sea mas rapido.

Digamos que vos tenes un id incremental movie_id, pero tus usuarios seguramente haran mas busquedas por movie_type y movie_year, asi que con eso le adviertes al motor que le pegaras tambien por esos campos y que se prepare.

Espero se halla entendido y te sirva, saludos.