Así es. De la misma manera que ordenas tus clases en distintos packages en
Source Packages.
Si haz programado en capas (MVC y variantes), de igualmanera puedes desarrollar tu proyecto Java Web. En este caso su capa
vista o
view seria las paginas JSP propiamente dichas, las cuales iran en el
WebContent de tu proyecto. Mientras que las clases de Acceso a Datos y las clases de la Lógica de Negocios y la Conexión (esto de acuerdo a
MVC) irían organizados en
Source Packages.
En Java Web debes comprender el uso de
servlets.
Puedes tomar este
video como una guía de referencia que te ayudará a comprender mejor
Desarrollo Web Java EE. También puedes consultar los
temas de JSP en este
foro.