problema al no poder ejecutar unos metodos

[FiruzzZ]

Código Java:

Alumno c[]= new Alumno [numero_materias];
 

Ese es tu problema, lo estás inicializando en CERO al instanciar un Alumno y el método no está redimenciando el Array

Código Java:

public void setNumero_materias(int numero_materias) {
        this.numero_materias = numero_materias;
        //acá debería inicializarlo nuevamente
       c = new Alumno [numero_materias];
    }
 

Existe una práctica sencilla y rápida para hacer debug en estas cuestiones, ir poniendo System.out.println();
Porque la llamada al método parece estar bien, pero nunca entra al ciclo FOR por lo que te mencioné.
Ej:

Código Java:

public String Leer (String nombre_materias, long calificacion_materias)    {
System.out.println("entró el método Leer");
 

PD: no se cuan nuevo seas en Java, pero deberías apegarte (respetar) las convenciones de código, te va servir a vos (cuando leas) y a cualquiera que lea tu código.
http://www.oracle.com/technetwork/ja...nv-138413.html