Hola Julio Garcia:
La verdad es que viendo el código me he perdido un poco, pero voy a ir a la respuesta, ya que supongo que sabrás adaptarla a tus necesidades.
Puedes tener todos los elementos del tipo input de un formulario de esta manera:
var losInput = document.forms.tuFormulario.getElementsByTagName(" input");
... y luego seleccionar los de tipo checkbox con:
if (losInputs[i].type == "checkbox") alert("elemento " + i + " = checkbox");
Espero que te sirva...
Saludos
