Hola amigos, yo recién empiezo con CodeIgniter y hace un par de días estaba con el mismo problema. Lo que yo hice fue esto:
1. Dejar un string vacío en index_page del archivo
application/config/config.php (línea 29 en la última versión, esto ya lo había mencionado xlos_mas_pro), quedaría así:
Código PHP:
$config['index_page'] = '';
2. Luego crear un .htaccess en el directorio raíz del proyecto (por ejemplo: C:\wamp\www\
proyecto si usan WAMP) con el siguiente código:
Código:
RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ /proyecto/index.php/$1 [L]
Presten atención al directorio del proyecto en el .htaccess. El código de la página oficial de CodeIgniter da un ejemplo que sirve si el proyecto está en la carpeta raíz del servidor, pero no funciona si tenemos distintos proyectos en directorios separados.
Un saludo y espero que les sirva.