Problemas con insercion de formulario

[Bravenap]

Es probable que debas cambiar

<input name="Submit" type="submit" onClick=" confirmando();MM_validateForm...

por esto

<input name="Submit" type="button" onClick=" confirmando();MM_validateForm...

Ya que si es del tipo submit directamente lo envía antes de realizar cualquier comprobación. Al ponerlo del tipo Button no realiza nada, salvo llamar a las funciones que pongas en el evento onClick y luego es Javascript quien se encarga de enviar el formulario como tu bien has puesto:

document.registro_usuarios.submit();

Por cierto, una recomendación. Si los valores no coinciden, aparte de mostrar el aviso podrías borrar las contraseñas y situar el cursor para que el usuario pudiera completarlas de nuevo

document.registro_usuarios.clave.value="";
document.registro_usuarios.repcla.value="":
document.registro_usuarios.clave.focus();