Hola,
Para el ejemplo que te dí, bastaría con borrar el contenido de <span>:    
Código PHP:
Ver original$("li").click( function () {
        $(this).toggleClass('activo');
        $
(".activo").each(function(){            $("span.total").append($(this).attr("id")+", ");
        });
    });
  
Saludos!