Lo unico que debes hacer es añadir una linea <script src="tuotrojavascript.js"></script> y despues llamar a la funcion deseada de forma normal, es decir,
Código:
nombrefuncion(argumentos);
.
Esto es porque al añadir un archivo mediante <script> lo que haces es añadir las lineas de ese archivo al codigo html de tu pagina.
No se si me he explicado, ya me cuentas.
Un saludo.
EDITO: justamente
quimfv te ha puesto un ejemplo de lo que yo te he explicado. Genial.