Ejecutar script dentro de un script

[quimfv]

A mi en firefox me funciona con prueba2.js en local

prueba2.js

Código Javascript:

alert('dsadPrueba2');
 

Código HTML:

<script type="text/javascript">
<!--
prueba1="<script>alert('dsad');</script>";
prueba2="<script language='javascript' type='text/javascript' src='js/prueba2.js'></script>";
function SetContainerHTML(id,html,processScripts)
{
    mydiv = document.getElementById(id);
    mydiv.innerHTML = html;
    if(processScripts!=false)
    {
    var elementos = mydiv.getElementsByTagName('script');
    for(i=0;i<elementos.length;i++)
    {
        var elemento = elementos[i];
        nuevoScript = document.createElement('script');
        nuevoScript.text = elemento.innerHTML;
        nuevoScript.type = 'text/javascript';
        if(elemento.src!=null && elemento.src.length>0)
        nuevoScript.src = elemento.src;
        elemento.parentNode.replaceChild(nuevoScript,elemento);
        }
    }
}
 
-->
</script>  
<div id="pepe" onclick="SetContainerHTML('pepe',Prueba1, true)">Click</div>
 

No se que es lo que quieres hacer pero no seria mas simple

prueba2.js

Código Javascript:

function prueba2(id){
alert('dsadPrueba2'+id);
}
 

Código HTML:

<script language='javascript' type='text/javascript' src='js/prueba2.js'></script>
<script type="text/javascript">
<!--
function prueba1(id){
alert('dsadPrueba1'+id);
}
-->
</script>  
<div id="pepe" onclick="prueba1(this.id)">Click</div>
<div id="pepe2" onclick="prueba2(this.id)">Click</div>