Hola, por fin he encontrado el problema y la solución. Gracias a un administrador de sistemas ubuntu (Sergio) de España, hemos depurado el codigo de las librerias de Chameleon y encontrado el porqué se producía el "Error rendering map".
El problema surgía cuando la función fwrite trabajando en modo "w" truncaba los ficheros de la sesión de php, de manera que la función fread devolvía un 0 en algunas ocasiones. Supusimos que hacía falta una función de bloqueo mientras fwrite está escribiendo así que al buscar en el código encontramos la solución. La línea 85 del ficheros "session.php" de chameleon dice:
/* file-based session locking based on code contributed by
* Andreas Hocevar
[email protected] */
if (!isset($GLOBALS['bLockSession']))
$GLOBALS['bLockSession'] = false;
Si se cambia por esto:
$GLOBALS['bLockSession'] = true;
eliminando el if, ya no se produce nunca más el error bajo ubuntu server.