No puedo sostener la opinión con datos pero yo quitaría los enlaces a la principal en los enlaces de la "tercera capa" porque canta mucho, dejas demasiadas pistas para que lo consideren una cadena de enlaces.
Cita: ¿Debo ir metiendo contenidos en la segunda capa para que no venga abaja la rueda de enlaces?
Esta pregunta es demasiado abstracta, hacen falta más datos para evaluar. En general el contenido siempre viene bien.