Arreglos

[Fuzzylog]

Un arreglo, o array, lo inicializas con el numero de elementos que vas a tener. En ese caso todos los elementos del arreglo son null. Cuando añades le dices que el elemento en posicion x del arreglo tiene el objeto Y:
Nota nota1 = new Nota();
notas[0] = nota1;
Para eliminarlo... notas[0] = null;

Si quieres hacer algo más avanzado usa un ArrayList o una Collection.

Con ese tipo de arreglos puedes usar lista.add(Obj) para añadir un objeto o lista.remove(Obj) y lista.remove(posicion) para eliminarlo. Además de que no necesitas indicar un número de elementos, y si es con java 5 se recorre muy fácil con iteradores rápidos.

for (Obj obj : lista) {
// etc
}