Symfony 2 respeta el PSR-0 así que da igual como sea internamente, el composer solo tiene que saber donde esta la carpeta raiz para el autoloader.
Con respecto al autoloader, como te comente antes, no veo la dificultad, la idea es que antes de subir a produccion se haga via consola o que te hagas un builder para ejecutar cuando quieras, hace tiempo que hay una herramienta para hacerlo, pero supongo que se integrara en el cli final, actualmente no es mas que:
Y en relación a zfcommons, yo supongo que ira bien, pero no se puede tomar como medida lo actual, actualizar un repositorio que no hace nada no es problema, el tema va a ser cuando esto realmente se entre a mover, de todas formas supongo que se tomaran precauciones y mas teniendo como ejemplo Syfmony 2.
Saludos.