Vale, mas o menos seria asi.
Al principio de tu codigo en PHP, pones esto:
Cuando acabas con todo el PHP, pones esto
Código PHP:
$codigoHTML = ob_get_contents() ;
ob_end_clean() ;
Y ahora, solo te queda pasarle la variable $codigoHTML ( que es la que tiene todo el codigo html comos su propio nombre indica ) al html2pdf.