Asi como podes crear tus CSS, tambien podes crear tus JS, y podes usar CSS3 y HTML5 sin ningun problema.
Lo que estas pidiendo quizas es un poco avanzado viendo que inicias hace poco con esto, pero te dejo un ejemplo para que lo veas:
https://github.com/libbybaldwin/phon.../www/index.css
En la linea 165, por ejemplo, tenes un condicional en tu CSS que mide el tamaño actual de la pantalla y tambien mira como esta tu movil (portrait o landscape), en caso de que se cumplan esos condicionales entonces ese CSS se ejecuta, en caso contrario no. Esa es la manera de hacer tu aplicacion visible de distintas maneras con Phonegap.
En resumen, podes hacer como IF dentro de tus CSS.
Saludos.