Problema con la longitud de la cadena

[Javieer-G]

Os expongo mi problema. He hecho esta pequeña beta y hay un par de cosas que no entiendo para nada:
1) Por qué cuando aumento el tamaño de la cadena (ponte una parrafada de 1000 caracteres) no funciona la opción de codificar. Me direis que es por el fgets y por el tamaño de la matriz, pero no, cambiad ambos el 100 por un 1000... y aun así, a mi no me funciona. Me da el output una B.

2) ¿Cómo puedo hacer para que las 'ñ' se presenten bien sin ponerme a hacer una función exclusiva sólo para mostrar una 'ñ'?

3) ¿Y los espacios en blanco? Me gustaría que, al encriptar, se comiese todos los espacios en blanco, y al desencriptar, los pusiese. ¿Es posible?

Gracias :)

Código C:

/*Codificador de frases y/o palabras*/
 
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
 
/*Alfabeto para codificación por "Cesar"*/
char *claro="abcdefghijklmnñopqrstuvwxyz,.?!"; 
char *oculto ="DEFGHIJKLMNÑOPQRSTUVWXYZABC*-=&";
 
/*prototipos de funciones*/
void codificar(char *frase);
void decodificar(char *frase);
void flush_stdin(void);
 
main()
{
    int m;
    char frase[100];
    
    do{
    system("clear");
    puts("\t\tMENU\n");
    puts("\t1.- Codificar una frase");
    puts("\t2.- Decodificar una frase");
    puts("\t3.- Definir el algoritmo de codificacion");
    puts("\t4.- Salir");
    printf("Opción: ");
    scanf("%d", &m);
    flush_stdin();
    
 
    switch(m)
    {
    case 1:
    printf("Introduzca una frase: ");
    fgets(frase, 100, stdin);
    codificar(frase);
    printf("La frase codificada es: ");
    puts(frase);
    puts("\tPulse cualquier tecla para continuar...");
    getchar();
    break;
 
    case 2:
    printf("Introduzca una frase codificada: ");
    fgets(frase, 100, stdin);
    decodificar(frase);
    printf("La frase decodificada es: ");
    puts(frase);
    puts("\tPulse cualquier tecla para continuar...");
    getchar();
    break;
 
    case 3:
    system("clear");
    puts("Que algoritmo desea utilizar?");
    puts("1.- Codigo de Caesar con 3 desplazamientos");
    puts("2.- [No disponible]");
    printf("Opción: ");
    scanf("%d", &m);
    flush_stdin();
    
    case 4:
    break;
    
    default:
    puts("\tNo ha seleccionado ninguna opción del menu");
    }
    system("clear");}
    while(m != 4);
}
 
void codificar(char *frase)
{
    int i,j;
    for(j=0;j<strlen(frase);j++)
    {
      for(i=0;i<strlen(claro);i++)
      {
         if(*(frase+j)==*(claro+i))
         {
         *(frase+j)=*(oculto+i);
         }
      }
    }
}
 
 
void decodificar(char *frase)
{
    int i,j;
    for(j=0;j<strlen(frase);j++)
    {
      for(i=0;i<strlen(claro);i++)
      {
         if((*(frase+j))==*(oculto+i))
         {
         *(frase+j)=*(claro+i);
         }
      }
    }
}
 
void flush_stdin(void)
{
   int ch;
   while( (ch = getchar()) != '\n' && ch != EOF );
}