Con PHP, FFMpeg y la posibilidad de ejecutar comandos con exec() o system() es suficiente; todo lo que necesitas es instalar el software y codecs de acuerdo a tus necesidades y averiguar los comandos más adecuados para los formatos que deseas.
Tal vez esto te sirva como punto de partida:
http://www.forosdelweb.com/f18/aport...4/#post3989874