No estoy seguro de si sigues con el problema.
Poniendo las cosas en claro:
Cuando crees el textarea por los datos tal cual los lees del archivo.
Cuando escribas el archivo coloca los datos tal cual los obtienes del formulario.
Cuando quieras mostrar los datos en la marquesina, sustituye los saltos de linea por <br/>, ya sea con str_replace o bien con nb2lr.
Nota: <pre> es una etiqueta html que sirve para mostrar un texto sin formato, tal cual lo haría un bloc de notas en el navegador, por lo que si quieres que tenga estilo de la marquesina no creo que te convenga usarlo.