En realidad no deberia repercutir en tu posicionamiento, si bien es cierto que Google anda penalizando a las webs que tienes exceso de publicidad antes del contenido, por lo que comentas no es tu caso.
Solo un par de observaciones, en el caso de ser anuncios graficos controla que tipo de anuncios pondran ya que en un sitio como el tuyo con buen posicionamiento y sin publicidad algo muy impactante (en colores, movimiento...) puede asustar al usuario.
Si son anuncios de texto, tipo <a href="..... utiliza el atributo nofollow para evitar penalizacion por venta de enlaces, igualmente estas vendiendo publicidad y no enlaces por tanto a la empresa que te la compra no creo que le importe.
Un saludo