Así a bocajarro esto no me parece un problema de PHP, mas bien es un problema de matemáticas. La formula parece estar bien aplicada. Sin embargo es importante que entiendas que la distancia de dos puntos de la tierra se calcula haciendo una aproximación de la curvatura de la tierra y por tanto se deben tener las medidas siempre en radianes, cosa importante al hacer este tipo de cálculos. (Creo que no lo estas haciendo) Yo en lo personal cogeria la latitud y la longitud de las formulas que usas de la forma siguiente:
Cita: Catedral Málaga Plaza de Colón
latitud 36.720139 40.425797
longitud -4.419422 -3.690462
acos(sin(radians(36.720139)) * sin(radians(40.425797)) +
cos(radians(36.720139)) * cos(radians(40.425797)) *
cos(radians(-4.419422) - radians(-3.690462))) * 6378
El resultado es de 417,348 Kilómetros.
Inserta tu mismo los datos de este ejemplo (siempre en grados) y verifica con calculadora que los resultados de las calculadora coincidan con lo que coloca el script. No seas impaciente y metas de un chorro toda la ecuación porque así jamas veras donde esta la incongruencia. Verifica uno por uno.