Hola atodos ya lo consegui, les dejo la solucion.
public function calcularAction(){
$form = $this->createForm(new BusquedaType());
//accedo a los datos del formulario recuperando el objeto Request
$request = $this->getRequest();
//recupero los datos del formulario en un Array
$formDatos = $request->get($form->getName());
$id_empleado=$formDatos['id_empleado'];
$fecha1=$formDatos['fecha1'];
$fecha2=$formDatos['fecha2'];
//Llamamos al metodo ->findByFecha() y le pasamos los parametros
$em = $this->getDoctrine()->getEntityManager();
$registros= $em->getRepository('DedotoniBundle:registros')
->findByFecha($id_empleado,$fecha1,$fecha2);
