Dos sitios web bajo un mismo hosting bueno para SEO

[RBZ]

Sí, sería un problema si Google lo descubriera pero es muy difícil que eso pase por la gran cantidad de dominio que comparten un mismo servidor. Cuando tenemos urls dinámicas es fácil que en alguna parte del sitio quede algún enlace a las url no amigable, en el caso de las www es fácil que cualquier programa o usuario externo al sitio cree un enlace con la opción contraria a cómo lo tenemos definido... En el caso de los dominios secundarios si no visitas las otras opciones y atraes al bot por adsense o con la barra de Google es imposible que lo indexe. Aún así por seguridad siempre puedes hacer las redirecciones.