La estructura total de la aplicación dependerá del IDE que estés usando.
Lo que va a ser común es la estructura de los .java
Cita: com.applexperts.sgp.DBManager.getPrepareStatement( DBManager.java:93)
Dentro de la carpeta de fuentes (en eclipse src)
..src/com/applexperts/sgp/DBManager.java
Las JSP algo parecido, salvo que en la parte destinada a contenido Web de tu proyecto.
Tienes que buscar un tutorial de cómo crear una aplicación web sencilla en tu IDE y guiarte por él.