Consulta relación muchos a muchos !!

[gnzsoloyo]

Una misión puede tener varios logros.

Queda una pregunta que tu descripción no aclara: ¿Un logro puede serlo de diferentes misiones, o debe serlo de una sola?
En el primer caso, es una relación N:N y faltaría una tabla, además de que la consulta se complica.
en el segundo es mas o menos simple. Sería algo como:

Código MySQL:

SELECT U.idusuario, M.idmision, COUNT(L.idmision) LogrosMisiones 
FROM usuarios U LEFT JOIN usuariosxmisiones UM ON U.idusuario = UM.idusuario
          INNER JOIN misiones M ON M.idmision = UM.idmision
          INNER JOIN logros L ON M.idmision = L.idmision
GROUP BY U.idusuario, M.idmision;
 

La diferencia radica en que en el primer caso faltaría un LEFT JOIN entre las misiones y una tabla mision_logro, y la de logros se relaciona con esa tabla también.
Recuerda que siempre, una relación N:N entre dos entidades genera una tabla relacional que no aparece en los diagramas del modelo lógico, sino en el diagrama del modelo físico.