El código no es de lo mejor que se puede hacer, es muy inseguro de la manera que lo haces y poco estructurado.
Te recomiendo buscar el usuario y tomar la contraseña y después verificar si es correcta, de esta manera vas a poder diferenciar mayúscula y minúscula y dar un error personalizado, también vas a tener una conexión menos y esto si es en una web con mucho trafico es una gran ventaja.
Te recomiendo este sistema de usuarios para que te bases:
http://www.marcofbb.com.ar/sistema-d...2-php-y-mysql/
Busca:
$isql = "SELECT * from Usuarios WHERE Nom_User = '$usuario'and Clave = '$clave'";
remplazalo por
$isql = "SELECT * from Usuarios WHERE Nom_User = '$usuario'and Clave = '$clave' COLLATE utf8_bin";
Esa es la solución a tu problema, pero te recomiendo re hacer el código para un mejor funcionamiento
Saludos y Suerte