Suele decirse que a Google le da igual, que no le da la suficiente importancia.
Yo, como consejo, te diré que siempre utilizo los links absolutos, y como yo, mucha otra gente te lo recomendará.
Siempre he creido mejor poner esto:
Código HTML:
<a href="http://www.dominio.com/pagina.html">Página</a>
En lugar de esto:
Código HTML:
<a href="pagina.html">Página</a>
¿Por qué? Porque básicamente "ayudas" a los bots poniéndoles toda la raiz de la URL, completa, y de una forma u otra les facilitas el trabajo a la hora del rastreo (aunque como digo, esto es una apreciación personal).