Bueno quizás te ayude esto si es que el id del afiliadoscontrol es autoincremental o por si tenes también un campo fecha para ver cuando se ingreso el control del afiliado
Código SQL:
Ver originalUPDATE afiliadoscontrol ac SET principal = 1
WHERE ac.id= (SELECT MIN(af.id) FROM afiliadoscontrol af
WHERE ac.afiliados_id=af.afiliados_id)
Código SQL:
Ver originalUPDATE afiliadoscontrol ac SET principal = 1
WHERE ac.fecha= (SELECT MIN(af.fecha) FROM afiliadoscontrol af
WHERE ac.afiliados_id=af.afiliados_id)