Bueno quizás te ayude esto si es que el id del afiliadoscontrol es autoincremental o por si tenes también un campo fecha para ver cuando se ingreso el control del afiliado
    
Código SQL:
Ver original- UPDATE afiliadoscontrol ac SET principal = 1 
- WHERE ac.id= (SELECT MIN(af.id) FROM afiliadoscontrol af 
- WHERE ac.afiliados_id=af.afiliados_id) 
Código SQL:
Ver original- UPDATE afiliadoscontrol ac SET principal = 1 
- WHERE ac.fecha= (SELECT MIN(af.fecha) FROM afiliadoscontrol af 
- WHERE ac.afiliados_id=af.afiliados_id)