Lo que puedes hacer es poner una clave a tu servidor MySQL desde la consola.
SET PASSWORD FOR 'root'@'localhost' = PASSWORD('MiNuevaContraseña');
Ahora debes configurar el archivo config.inc.php del PHPMyAdmin en donde esta la variable con el password de acceso a MySQL.
Código PHP:
Ver original$cfg['Servers'][$i]['user'] = 'root';
$cfg['Servers'][$i]['password'] = '';
Con eso ya debería funcionar.