Primero debes decirnos si ese prefijo EN siempre es el mismo o hay otros caracteres y qué tamaño tienen. Te lo digo porque lo mismo necesitamos ordenar por doble criterio, primero por el prefijo en modo alfabético y luego por el resto en modo numérico.
Te anticipo que tendremos que separar esa cadena y en el order by establecer dos parámetros uno alfabético de dos caracteres
y luego otro numérico mediante CAST(SUBSTRING_INDEX(id_indicador_interno, "EN",1) AS UNSIGNED)
no lo he probado, pero a ver si así:
De todas maneras, necesitamos saber si el prefijo puede ser distinto y si además puede tener menos número de caracteres o más.