Que tal
destroyermachine,
Primero bienvenido a FdW, ahora vamos con la pregunta, a ver, el nombre en el application.ini deberia ser el último segmento de la clase, algo asi:
Código INI:
Ver originalresources.frontController.plugins.Prueba = "Application_Controller_Plugin_Prueba"
luego, teniendo en cuenta el namespace que estas utililizando(Application) el plugin deberia estar en
application/plugins, la clase llamarse
Application_Plugin_Prueba y el fichero físico
Prueba.php.
Fuera de esto deberías tener en cuenta que el namespace Zend es sagrado y que
nunca deberías trabajar bajo el mismo.
Saludos.