//Esto sería código dentro de código y por seguridad JavaScript no lo ejecuta. Pero hay un truco:
Deberás en medio de la función AJAX crear una especie de analizador de código JS que
evalúe y ejecute dicho código antes de "trazarlo" como HTML.
Te dejo un link a una biblioteca JS que he creado para dicho fin. Lo único que tienes que hacer es escribir un apartado en tu página web con el enunciado "<<<pleromak;"
http://www.iukaeru.com/aa_sekuro/jajax.js
Como ejemplo puede ser dentro de tu archivo AJAX:
//Aquí código sin etiquetas <script>
alert("Me ejecutaré dentro de un campo ajax.");
<<<pleromak;
<div>Este es el contenido HTML</div>
En éste link te explico un poco mejor cómo funciona la cosa:
http://www.iukaeru.com/iukaeru/principal.php?noti=jajax