Por fin lo logre, en el anterior script la cabezera BOM hacia que el archivo fuera Unix pero si lo quitaba volvia el archivo ANSI as UTF-8.
Cambie el script usando ahora file_put_contents para generar el archivo, dejo la versión final por si alguien algún día tiene el mismo problema.
Código PHP:
Ver original$file_name = 'miarchivo.txt';
$string = NULL;
{
{
$string .= "\r\n";
}
}