Hola javimartinez!!!
Cita: Mi duda es, si en Java siempre los parámetros son pasados por valor, ¿realmente el objeto que ha llamado a este método va a conseguir el objeto al que se señala en el atributo claseA?
En java los tipos básicos (int, char...) se pasan por valor, mientras que los objetos (Vector, String, ClaseA...) se pasan por referencia. Luego el método que genera tu herramienta CASE sería correcto.
Cita: es decir (se puede igualar a null un vector o hay que ir miembro a miembro?)
Con igualar a null el vector es suficiente, el resto lo hará el recolector de basura.
Espero te sirva,
un saludo,
kripton