Creo que primero deberías entender la diferencia entre HTML y PHP, ya que la extensión del archivo no limita nada mientras sepas utilizar plantillas.
El ejemplo del README es tan claro que de verdad no entiendo por qué no entiendes.
Código PHP:
$dumper = new PHPDumper();
$dumper->registerVisitor('tag', new AutotagsVisitor());
$dumper->registerFilter('javascript', new JavaScriptFilter());
$dumper->registerFilter('cdata', new CDATAFilter());
$dumper->registerFilter('php', new PHPFilter());
$dumper->registerFilter('style', new CSSFilter());
// Initialize parser & Jade
$parser = new Parser(new Lexer());
$jade = new Jade($parser, $dumper);
// Parse a template (both string & file containers)
echo $jade->render($template);