Cita: Mi preocupación iba orientada también al tema del SEO (posicionamiento) si afectaría desarrollarla de esta forma, pero el tiene buenos posicionamientos en sus webs utilizando jquery. :)
no creo que afecte mucho, si tienes un buen sitemap.xml y en los archivos principales buenas etiquetas meta seras bien posicionado.
tambien puedes usar (si te preocupa mucho el tema y quieres hecerlo en grande) un condicional en php sobre cada web que cargas, si esta llamada por javascrip no muestras el head pero si se la esta accediendo directamente si muestras un head con etiquetas meta personalizadas.
pero repito con un buen sitemap.xml y que todas las paginas que alli figuran tengan todas las etiquetas meta seras bien posicinado sin necesidad de lo ultimo.
tambien en el posicionamiento importa cuantas de las demas web hacen enlaces hacia tu web eso influye bastante ya que google ve cada enlace como un "punto" a favor.