Evitar el refresco en determinadas partes de la web

[NSD]

Lo primero decir que javascript no es lo mismo que java, aunque el nombre sea similar.

Muy cierto gran Wakka son dos cosas muy distintas me disculpo por mi mala costumbre de avreviar.

De todas formas, con joomla, no se si hay la posibilidad de indicarle el target de los enlaces si se puede sería sencillo utilizar marcos

Esto no lo se, no trabaje mucho con joomla, creeria que un sistema tan potente deberia tener esa opcion pero si no es asi entonces las posibilidades son limitadas.

ya que los servidores de hosting que utilizo no tienen servidor de aplicaciones tipo tomcat, jboss, etc...

no nesesitas eso :) incluye en el head de tu index una referencia a script.js y crea en el body un <div id="contenido"></div> luego en el archivo script.js pega el siguiente codigo:

Código Javascript:

function cargar_datos(url) {
    var id_contenedor = 'contenido';
    var pagina_requerida = false
    if (window.XMLHttpRequest) {
    pagina_requerida = new XMLHttpRequest()
    } 
    else if (window.ActiveXObject){ 
        try {
        pagina_requerida = new ActiveXObject("Msxml2.XMLHTTP")
        } 
        catch (e){
            try{
            pagina_requerida = new ActiveXObject("Microsoft.XMLHTTP")
            }
            catch (e){}
        }
    }
    else
    return false
    pagina_requerida.onreadystatechange=function(){
        cargarpagina(pagina_requerida, id_contenedor)
    }
    pagina_requerida.open('GET', url, true)
    pagina_requerida.send(null)
}
function cargarpagina(pagina_requerida, id_contenedor){             
    if (pagina_requerida.readyState == 4 && (pagina_requerida.status==200 || window.location.href.indexOf("http")==-1)){
    document.getElementById(id_contenedor).innerHTML=pagina_requerida.responseText}
    else {
    document.getElementById(id_contenedor).innerHTML='<br><br><br><br><center><img src="images/loading.gif" width="220px"><br><b>Cargando Datos</b></center>'}
}
 

luego en los enlaces de tu menu pones esto:
<a href="javascript:cargar_datos('tupaginadelink.php' )">nombre</a>
esto no requiere nada por parte del servidor ya que se ejecuta en la compu del visitante.
espero que te sirva y no haber complicado mucho el tema :/ saludos